Если верить вот этому http://arxiv.org/help/support/faq , то для (хм) физических лиц все должно остаться бесплатным. Но попробуйте поставить себя на место университетского администратора, который внезапно узнает, что в графе расходов появляется какой-то arXiv. Пока все было бесплатным (и не фигурировало в отчетах), выкладывание статей в arXiv было личным делом. А если университеты начнут платить, то (как мне кажется) велик соблазн начать:

1) включать в отчеты архивные статьи;
2) контролировать поток на предмет export control.